Contrairement à ce que laisse penser le titre, Bienvenue à Madagascar est en réalité composé d'images de la ville d'Alger, où a vécu Franssou Prenant. "Des images d’Alger, vues au cours d’aventures urbaines ou tournées en épluchant quartiers et recoins, (...)", décrit la réalisatrice. Elle explique son choix : "Le choix de ce titre était de l’ordre de l’évidence ; et ce d’autant plus que la deuxième séquence fait un lien entre la répression coloniale à Madagascar et en Algérie. Tous deux étaient soumis à la même puissance coloniale, pas dans les mêmes conditions mais il y a eu des répressions similaires".
Bienvenue à Madagascar est un documentaire à part, en cela qu'il ne contient ni interviews ni entretiens filmés. En revanche, plusieurs voix off se succèdent pour évoquer la vie d'Alger dans son ensemble, des guerres à la culture en passant par l'urbanisation.
Franssou Prenant a vécu de nombreuses années en Algérie, réparties sur deux périodes : sa primenfance et les dix dernières années. La réalisatrice revient sur ces moments de sa vie dans le film.
Les images tournées se divisent en trois temps : celles du début des années 2000 en super 8, celles de 2009-2010 en vidéo, et des images d’archives en 8 mm faites par le père de Franssou Prenant en 1965. le film est quant à lui construit de manière chronologique.
Franssou Prenant a choisi d'inclure une partie de fiction dans Bienvenue à Madagascar, pour représenter les amoureux qui vivent leur histoire secrètement au Parc de la Liberté d'Alger. Elle y a ajouté une nouvelle de Rachid Mimouni, Le Gardien. "Cette nouvelle qui se déroule dans ce parc que j’aime bien, est drôle, insolente, pleine d’humour, très critique", raconte la réalisatrice.