Les réalisateurs Sophie Bruneau et Marc-Antoine Roudil expliquent qu'"il est très difficile de trouver un arbre urbain, c'est-à-dire qui soit exploitable d'un point de vue cinématographique. Souvent, il est encaqué, trop diffus ou noyé par les voitures. L'arbre urbain est parmi les arbres les moins regardés. Il s'agit ici de le faire voir sans tomber dans l'explicite ou la démonstration. Le faire voir l'air de rien, c'est-à-dire le filmer en situation. Il n'y a rien de plus difficile que de rendre compte du banal disait Flaubert, de rendre extraordinaire l'ordinaire."
Le documentaire Arbres est l'occasion pour le comédien Michel Bouquet d'officier en tant que narrateur. Il avait déjà occupé ce poste en 1955 sur un autre documentaire, Nuit et brouillard, qui traitait des camps de concentration allemands.
La majeure partie du documentaire Arbres a été tournée en Afrique. Les réalisateurs Sophie Bruneau et Marc-Antoine Roudil se souviennent, lors des repérages effectués en Namibie à la fin du mois de mars 2000, d'un "paysage dénudé, mariage d'eau et de désert, qui évoque l'origine ou la fin du monde." C'est justement en Namibie qu'ils ont souhaité filmé la scène d'ouverture de leur film. "Des mythes ont relaté l'existence d'un arbre du déluge et l'un deux nous y fait songer", racontent-ils dans leur journal de bord. "Il nous rappelle un monde où l'homme et l'arbre ne faisaient qu'un, où nature et culture désignaient la même chose : un pays sans frontières, peuplé de mythes, de rites et de croyances. Nous aimerions tourner ici la séquence d'ouverture du film."
Pour les réalisateurs Sophie Bruneau et Marc-Antoine Roudil, l'un des arbres de leur documentaire, l'arbre étrangleur, aurait tout à fait sa place au cinéma. "C'est la séquence policière du film", expliquent-ils. "Cet arbre est tellement diabolique que la référence au thriller s'est tout de suite imposée. Une fois plantée la graine fatale, ce qui suit est la chronique d'un meurtre par strangulation dont la réalisation va prendre des années. Nous souhaitions restituer à l'image le travail méthodique de l'assassin et filmer ce crime, modèle du genre, en tant que long processus." L'arbre en question est un hydre aux têtes en forme de lianes qui s'enroulent autour de son tronc.