Il est solitaire, illettré, ne boit que du lait, et a pour seule compagne une plante qu’il soigne avec la plus grande affection. Il, c’est Léon, dit « Le Professionnel ». Elle est une jeune adolescente, éveillée, sensible et rebelle, qui souffre dans un milieu familial violent qui n’a d’autre ambition que de vivre de magouilles mafieuses. Elle, c’est Mathilda.
Le jour où la famille de Mathilda est éliminée au cours d’un règlement de compte entre mafieux et flics ripoux, l’adolescente trouve refuge chez Léon. Quand elle découvre que celui-ci a eu une enfance similaire à la sienne avant d’immigrer à New York et d’y devenir un tueur à gages, au cœur et à l’âme de justicier, elle lui demande de l’aider à venger la mort de sa famille.
Léon accepte finalement de prendre soin d’elle et de lui apprendre « le métier » et ses valeurs. De cette association naît une relation pleine de complicité et de tendresse entre deux êtres rejetés et isolés. Mathilda tombe même amoureuse, mais Léon la protège comme si elle était sa propre enfant. Quand l’enquête que Mathilda menait en secret tourne mal, Léon affronte Stansfield, l’agent corrompu, cocaïnomane et psychopathe, de la DEA qui avait massacré la famille de Mathilda. Dans un final infernal, Léon affronte les forces commandées par Stansfield. Sous un feu de plus en plus nourri, il sauve la vie de Mathilda et trouve un moyen astucieux de s’échapper. Il a presque réussi à s’enfuir quand Stansfield l’abat dans le dos. Dans son ultime souffle, Léon l’emporte avec lui dans la mort.
Mathilda va retrouver Tony à Little Italy – qui avait accueilli Léon à son arrivée à New York – comme Léon lui avait demandé s'il lui arrivait quelque chose. Elle veut « nettoyer » comme Léon, mais Tony refuse qu’une enfant de douze ans ne se perde dans cet univers. Mathilda réintègre alors l’école en avouant la vérité à la directrice. Puis, elle va mettre la plante de Léon en terre dans le jardin, de la même manière qu'elle l'avait enseigné à son très cher ami : « pour qu'elle ait de vraies racines ».
Comme à leur habitude, Jean Reno et Gary Oldman sont exceptionnels et irremplaçables. Et la prestation de la jeune Natalie Portman, alors âgée de douze ans, est tout simplement époustouflante et phénoménale, dans ce quatrième chef-d’œuvre d'affilée de la filmographie de Luc Besson, après Subway (1985), Le Grand Bleu - TheBigBlue (1988) et Nikita (1990).