Lorsqu’une météorite magique s’écrase dans Marseille, elle donne aux Ninjas de Marseille des pouvoirs, les transformant en Super Ninjas ! Pour Isabelle, Mathias et Hedy, avoir des pouvoirs est un rêve d’enfant. Mais les choses dégénèrent lorsque Détraxe, l’ennemi juré de nos Ninjas, afin de voler et de s’accaparer ces nouveaux pouvoirs. Le destin de Marseille est désormais en jeu, les Super Ninjas de Marseille doivent arrêter les super-vilains avant qu’il ne soit trop tard.