Dans ce quatrième et ultime opus d'Evangelion, la WILLE débarque à Paris, ville détruite par une catastrophe nucléaire. L'équipage du vaisseau Wunder atterrit sur une tour de confinement et dispose de seulement 720 secondes pour reconstruire la ville. Quand une horde de Nerv Evas surgit, l'unité 8 Eva de Mari doit les intercepter. De leur côté, Shinji, Asuka et Rei continuent à errer au Japon.
Shinji se réveille 14 ans après avoir vécu à bord du cuirassé AAA Wunder, qui appartient à une organisation anti-Nerv créée par d'anciens membres du Nerv. Shinji entend la voix de Rei qui semble provenir d'EVA Mark.09 et l'appelle au secours. Il quitte donc Wunder et se dirige vers le Nerv. Kaworu Nagisa montre à Shinji le pays dévasté. Il apprend que le sauvetage de Rei a déclenché le Troisième Impact qui a provoqué une catastrophe sur Terre.
Ce programme de neuf courts métrages faisant appel à diverses techniques d'animation (animation classique, manga, images de synthèse...), raconte plusieurs histoires au sein du monde de la Matrice autour de la guerre hommes/machines, et se situe chronologiquement entre Matrix et The Matrix reloaded / The Matrix revolutions. Il comprend : The ...