À la fin de l’ère Edo, un samouraï, Sanjuro, arrive dans un village écartelé entre deux bandes rivales, menées d’un côté par le bouilleur de saké, de l’autre par le courtier en soie. Les deux bandes veulent s’adjoindre les services de Sanjuro…
Un groupe formé d'un général, de deux paysans et d'une princesse qui détient le trésor du clan va tenter de rejoindre un territoire ami à travers les affres de la guerre civile du XVIème siècle japonais.
Kyoto, 1933. Alors qu’un régime militaire est instauré au Japon, le professeur d’université Yagihara est démis de ses fonctions car jugé trop démocrate par ses pairs. Il est soutenu par un petit groupe d’étudiants progressistes auquel appartiennent Noge et Itokawa.