Une journée d'été à Yokohama. Une famille se retrouve pour commémorer la mort tragique du frère aîné, décédé quinze ans plus tôt en tentant de sauver un enfant de la noyade. Rien n'a bougé dans la spacieuse maison des parents...
Au Japon, au 19e siècle, Zatoichi, voyageur aveugle mais aussi redoutable combattant, découvre une petite ville où Ginzo, le chef d'un gang, fait régner la terreur. Quand ses hommes de main croisent Zatoichi, l'affrontement est inévitable...
Une centaine de membres de la secte "L'Arche de vérité" sont retrouvés morts. Trois ans après, quatre amis qui ont perdu un proche lors de ce drame retournent sur les lieux du massacre pour se souvenir. La journée prend une dimension étrange lorsque le groupe rencontre un homme qui était avec les assassins peu avant leur passage à l'acte.