Les agents spéciaux de la branche new-yorkaise du FBI usent de tous leurs talents et leur expertise pour assurer la protection de la ville et du pays. Les membres de cette unité d'élite combattent aussi bien le terrorisme, le crime organisé que le contre-espionnage.
Le sergent Hank Voight dirige la brigade Intelligence chargée de réprimer le crime organisé, le trafic de drogue et le meurtre dans la ville de Chicago. Prmeier spin-off de Chicago Fire centré sur une brigade de police de la ville.