Les Américains ont perdu la Seconde Guerre mondiale et l’Amérique est désormais partagée entre l’Empire du Japon et l’Allemagne Nazi. En 1962, un groupe de résistants cherche à envoyer de précieux vieux films dans la zone neutre, mais les transporter coûte la vie de beaucoup de monde.
Dans l'Egypte ancienne, en plein déclin de l'empire romain, la philosophe et scientifique Hypatie tente de préserver les connaissances accumulées depuis des siècles au beau milieu des guerres de religion qui font rage.
Né en enfer, Hellboy est transporté sur Terre lors d'une sombre cérémonie célébrée par les nazis. Sauvé par le docteur Broom, le démon possédant un bras droit en pierre est alors élevé pour combattre les forces du Mal...