Alex le lion, Marty le zèbre, Gloria l'hippopotame et Melman la girafe cherchent toujours désespérément à rentrer chez eux ! Évidemment, King Julian, Maurice et les pingouins les suivent dans leurs péripéties…
Lorsqu'un lion, un zèbre, une girafe, un hippopotame et une poignée de pingouins psychotiques fuient leur zoo new-yorkais pour secourir l'un des leurs, l'aventure s'écrit avec un grand A...
Les anciens pensionnaires du zoo de Central Park rencontrent alors pour la première fois leurs familles respectives dans leur habitat naturel. Une occasion unique de renouer avec ses racines...
C'est toujours un choc de voir ses parents rentrer à la maison avec un bébé dans les bras – surtout quand il porte une cravate, qu’il se balade avec un attaché-case et qu’il a la voix d’un quinquagénaire ! Tim, 7 ans, a en réalité affaire à un espion que lui seul peut aider à accomplir sa mission ultra secrète…