Synopsis : Todd contacte Atlantis pour leur révéler qu'un Wraith subalterne a réussi à obtenir plusieurs EPPZ et qu'il les a utilisés pour alimenter un formidable nouveau vaisseau ruche. Il presse alors Woolsey d'attaquer et détruire ce vaisseau avant qu'il ne devienne une menace. Mais ce nouveau vaisseau prouve qu'il est un très puissant adversaire, paralysant le Dédale avant de faire un soudain et inexplicable saut en hyperespace. Perplexe devant ce départ soudain des Wraith, l'équipe découvre un faible signal subspatial Wraith. En l'analysant, McKay remarque vite que ce message a été envoyé, à travers le sous-espace, d'une autre réalité. Une fois déchiffré, leurs pires craintes se concrétisent. Le message Wraith contient les coordonnées de la Terre !
Le point sur les audiences... Cet ultime épisode a rassemblé 2,02 millions de téléspectateurs lors de sa diffusion sur la chaîne SyFy aux États-Unis (dont 0,97 sur la cible des 18-49 ans).
Series Finale par la force des choses, "L'empire contre-attaque" n'est pas l'ultime épisode tourné par l'équipe de la série. En réalité, il s'agit de l'avant-dernier produit. C'est "Las Vegas" (l'épisode précédent qui a été tourné en dernier, et devait servir de Season Finale) !