L'espion adolescent est aux trousses de son plus grand ennemi : l'agence connue sous le nom de Scorpia. Sous une nouvelle direction, l’organisation criminelle projette de rançonner le gouvernement britannique à l'aide de sa nouvelle arme de destruction massive : L'épée invisible". Affranchi du Département et aidé de ses amis les plus proches, Tom et Kyra, Alex se lance dans une mission personnelle pour détruire Scorpia une fois pour toutes. Il est loin de se douter que ses liens avec les deux organisations sont plus profonds qu’il n’y parait.
Alors que Scorpia se prépare à lancer une nouvelle opération majeure, Alex est à Malte en quête de réponses. Accompagné de ses amis Tom et Kyra, l'adolescent tente localiser la mystérieuse organisation criminelle. N'ayant aucune confiance en Blunt, le Département n'est pas dans la confidence. Le trio va devoir opérer seul...
S03E02 - Le consanto
Scorpia sort de l'ombre et pose un ultimatum au gouvernement britannique. Le Département est aussitôt mis sur le coup pour tenter de remonter la piste de la vidéo. En parlant de piste, à Malte, Alex est toujours sur les traces de la veuve. Il lui faut en savoir plus sur un certain Kovacic que celle-ci a rencontré...
S03E03 - Au nom du père
Tom et Kyra, inquiets pour Alex, de démènent pour le retrouver. Scorpia fait une démonstration, au gouvernement britannique, de la puissance de l'Epée invisible, leur nouvelle arme de destruction massive. Alex parviendra-i-il à soutirer à Julia Rothman quelques informations sur son père ?
S03E04 - Le camp d'entraînement
Coupé de ses amis et forcé de travailler avec son pire ennemi, Alex doit suivre un entraînement intensif. Les membres du Département sont sous le choc des pertes récentes. Quant à Tom et Kyra, ils peinent à trouver une piste...
S03E05 - Une affaire personnelle
Alex est envoyé en mission pour prouver sa loyauté. Tom et Kyra tentent de le sortir de ce mauvais pas. Pendant ce temps, le Département tente de percer le secret de l'Épée invisible...
S03E06 - Un plan parfaitement exécuté
Alex rentre chez lui avide de vengeance. Jack, Tom et Kyra doivent solliciter l’aide d’alliés improbables pour sauver Alex avant qu’il ne s’engage à Scorpia pour toujours.
S03E07 - Le poids de la vérité
Alex est interrogé par le Département. Ses amis parviendront-ils à le ramener à la raison et lui rappeler qui il est vraiment ? Le Département lui cache-t-il encore des éléments de son passé ?
S03E08 - L'espion qui m'aimait
Alors que Scorpia met en place les dernières étapes de son plan mortel, Alex doit réendosser sa couverture dans une tentative désespérée de stopper Julia Rothman avant qu’il ne soit trop tard...