Un appel de détresse de la lieutenante Noonien-Singh pousse Spock à désobéir aux ordres et à conduire le U.S.S Enterprise et son équipage dans une zone disputée.
S02E02 - Ad Astra per Aspera
La commandante Una comparaît devant la cour martiale, avec risque d'incarcération et d'exclusion de Starfleet pour indignité.
S02E03 - Demain et demain et demain
La'An retourne sur la Terre du 21e siècle afin d'empêcher une attaque qui changera le cours de la future histoire de l'humanité.
S02E04 - Parmi les mangeurs de lotus
De retour sur une planète faisant remonter de tragiques souvenirs, le capitaine Pike et son équipage perdent la mémoire.
S02E05 - Mascarade
Suite à un accident de navette, l'ADN vulcain de Spock se retrouve supprimé par des extraterrestres, le rendant entièrement humain et très peu préparé à faire face à la famille de T'Pring.
S02E06 - Hallucinations
Uhura semble être la seule à pouvoir entendre un étrange son qui déclenche de terrifiantes hallucinations.
S02E07 - Ces vieux scientifiques
Un accident lors de l'examen d'un portail temporel fait voyager l'enseigne Brad Boimler depuis le 24e siècle.
S02E08 - Sous le couvert de la guerre
Le capitaine Pike et son équipage accueillent un déserteur klingon à bord de l'Enterprise.
S02E09 - Rhapsodie du sous-espace
Un accident de champ de probabilité quantique expérimental pousse l'équipage de l'USS Enterprise à chanter de façon incontrôlable.
S02E10 - Hégémonie
Le capitaine Pike et son équipage se retrouvent nez à nez avec un redoutable ennemi de leur passé.