La jeune magicienne Rin Tosaka envoie Archer se battre pour le Saint Graal contre les guerriers de ses compagnons de classe, mais tout le monde ne joue pas le jeu.
S01E02 - Un jour d'hiver, la nuit du destin
Les événements du dernier épisode évoluent sous une perspective différente, alors que Shirō repousse l'attaque de Lancer avant de convoquer Saber.
S01E03 - Le lever de rideau
Rin tente d'expliquer la Guerre du Saint Graal et son rôle de Maître à Shirō avec l'aide de son mentor, Kirei Kotomine.
S01E04 - Première bataille
Rin, Archer, Shirō et Saber affrontent Berserker, une nouvelle Servante apparemment imparable, au cours d'une bataille de longue haleine qui pourrait tous les détruire.
S01E05 - Raison de combattre
Shirō apprend la vérité sur Saber et sur le fonctionnement des sept Servants. Rin et Archer combattent un ennemi qui se nourrit d'énergie vitale humaine.
S01E06 - Danse après l'école
Rin menace de blesser Shirō s'il ne renonce pas à ses sceaux de commande, puis tous deux décident de faire une trêve lorsqu'un Servant inconnu lance une attaque.
S01E07 - Mirage
Après avoir conclu une trêve, Rin et Shirō poursuivent la Servante inconnue et découvrent un secret qui révèle une conspiration encore plus importante.
S01E08 - La récompense d'un combat à mort
Après avoir défendu Shirō, Archer laisse Caster s'enfuir, une décision qui provoque colère et confusion.
S01E09 - Un jour d'hiver, là où est le cœur
Shinji crée une nouvelle barrière autour de l'école, sapant l'énergie de tous ceux à l'intérieur, sauf Rin et Shirō qui sont assaillis par des créatures surnaturelles.
S01E10 - La distance entre elles
Après avoir parlé avec Taiga et Saber pendant le dîner, Shirō se demande s'il veut devenir un héros justicier ou simplement suivre le chemin de Kiritsugu.
S01E11 - Le cinquième maître
Shirō et Saber aident Rin à tester sa théorie selon laquelle Kuzuki est le Maître de Caster, mais la vérité est plus sinistre que tout ce qu'ils auraient pu imaginer.
S01E12 - Visite légère comme la brise
Alors qu'un Shirō blessé et Rin élaborent un plan contre Caster, Shirō réalise qu'il doit défendre ses idéaux devant elle et Archer.
S01E13 - Le dernier choix
Shirō, Rin et Saber sont pris derrière une barrière invisible dressée par Caster, qui a déchaîné des pouvoirs inconnus contre eux lors d'une bataille pour le Saint Graal.