S06E01 - Itachi et Sasuke, le destin des deux frères
Sasuke est déterminé à aller voir Orochimaru. Il explique à Naruto que pour vaincre son frère Itachi, il a besoin de pouvoir et de haine.
S06E02 - Père et fils, le blason brisé
Naruto est anéanti par la Boule de Feu suprême de Sasuke, la première technique que son père lui a enseignée quand il était petit.
S06E03 - Le secret du kaléidoscope hypnotique du Sharingan
Sasuke observe Naruto couler au fond de l'eau. Il se souvient quand Itachi a abattu ses amis et ses parents à l'aide du Mangekyô Sharingan.
S06E04 - Mon ami
Kakashi utilise sa technique d'invocation et envoie des chiens ninjas chercher Naruto et Sasuke. Profitant d'un regain de force, Sasuke essaye d'en finir avec Naruto.
S06E05 - Le cri des larmes, tu es mon ami
Naruto libère son Chakra à neuf queues et projette Sasuke en l'air. Celui-ci accuse Naruto, orphelin, de ne pas comprendre ses sentiments.
S06E06 - Conclusion sous une pluie de larmes
Le Chakra du démon-renard à neuf queues se fait maître de la situation en contre-attaquant Sasuke. Le corps de Sasuke connaît une transformation.
S06E07 - Une promesse non tenue
La lutte féroce contre Sasuke laisse Naruto inconscient, mais Kakashi est à ses côtés. Shikamaru est profondément touché par l'échec de la mission.
S06E08 - Enfin une mission de rang S !
Sakura tente de s'échapper du village pour retrouver Sasuke, mais Naruto l'intercepte. Ils sont envoyés au pays des Rizières où se trouve Sasuke.
S06E09 - L'ombre du clan Fûma
Au pays des Rizières, Naruto, Sakura et Jiraiya partent en quête d'informations. Naruto et Sakura rencontrent Sasame, qui est poursuivi par un assaillant.
S06E10 - Pureté et trahison, un rêve éphémère
Naruto, Sakura et Sasame sont attaqués par Kamikiri, Jigumo et Kagerô du clan Fûma. Jiraiya arrive juste à temps pour prendre part à la bataille.
S06E11 - Horreur ! Le palais d'Orochimaru
Jiraiya se sert de sa technique d'invocation pour appeler Gamakichi. Le crapaud en éclaireur, les shinobi s'enfilent dans des escaliers et traversent des tunnels.
S06E12 - Le piège de Kabuto
Kabuto est sur le point de lancer son kunaï contre Sakura. L'apparition de Naruto l'oblige à riposter avec sa Danse des Fougères arborescentes.
S06E13 - La décision de Sakura
Naruto tente de protéger Sakura d'une attaque et est blessé par Kamikiri. Arashi emploie une technique secrète du clan Fûma : la Malédiction du Mandala.
S06E14 - Un trio diabolique
Naruto se fâche en voyant que Jiraiya part en mission sans lui. Tsunade trouve des renseignements importants sur la prison de Konoha.
S06E15 - Je compte sur ton groin
Shizune poursuit Mizuki, qui s'est échappé de la prison de Konoha. Naruto va voir Tsunade car il a le sentiment qu'Orochimaru a aidé Mizuki à s'évader.
S06E16 - Le nouveau trio
Raijin et Fûjin possèdent une force surhumaine. Naruto se sert de sa technique de Multi Clonage pour gagner du temps, mais un trio surpuissant vient à son secours.
S06E17 - Ino, Shika, Chô… La nouvelle formation !
Shikamaru, Ino et Chôji viennent en renfort. Ils ont été envoyés par Tsunade, ce qui permet à Naruto et Pakkun de poursuivre Mizuki.
S06E18 - Des ambitions brisées !
Naruto découvre que Tsubaki est la fiancée de Mizuki. Ce dernier cambriole le laboratoire Nara, et Tsunade s'interroge sur ses intentions.
S06E19 - Duel fatidique !
Naruto et Iruka sont étourdis par la puissance du Chakra de Mizuki. Naruto riposte avec une technique mais en vain. Iruka sort son kunaï.
S06E20 - À la recherche des insectes flaireurs
Kiba, Shino et Hinata ont l'idée d'utiliser le bikôchû, un insecte flaireur rare, pour retrouver la trace de Sasuke.
S06E21 - Tous les insectes se ressemblent
Naruto se joint à l'équipe 8 et ensemble, ils tentent de localiser le bikôchû. Malgré la photo qu'ils ont pour référence, Naruto n'arrive pas à faire la différence entre les insectes.
S06E22 - La grande bataille des insectes
Hinata est kidnappée par le clan Kamizuru. Pour retrouver le parchemin caché contenant la technique interdite, ils cherchent un bikôchû.
S06E23 - Enflamme-toi Byakugan !
Naruto, Kiba et Shino sont pris au piège dans une ruche. Shino propose un marché : remettre l'insecte flaireur en échange de la libération d'Hinata.
S06E24 - Requiem pour les vivants
Tsunade envoie Naruto, Lee, Neji et Tenten en mission à Katabami pour éliminer la famille Kurosuki qui règne sur cette ville minière.
S06E25 - Que les poings de l'amour atteignent ton cœur
Le gang Kurosuki capture Rokusuke, auquel Raïga dit qu'il organisera ses funérailles. Naruto finit par perdre son sang-froid.