Naruto trouve un nouvel allié au passé mystérieux, tandis que Gaara, Kankuro et Temari se lancent à la poursuite de dangereux ninjas qui attaquent leur ville.
En périphérie de la ville, Naruto rencontre une jeune fille qui peint un étrange dessin. De retour au village, Kurenaï démissionne de son poste de chef de l'équipe 8.
S09E02 - Yakumo poursuivie
Naruto rêve que Yakumo veut devenir ninja et que Kurenaï la menace de sceller ses capacités. Pendant ce temps, de mystérieux ninjas rôdent autour du manoir.
S09E03 - La mission secrète de Kurenaï
Quand les assaillants du clan Kurama du village caché de Konoha passent à l'attaque, Kurenaï libère son genjutsu afin de protéger Yakumo.
S09E04 - Une illusion ou la réalité ?
L'équipe revient au village caché de Konoha pour soigner les blessures de Kurenaï et de Yakumo. Ils retrouvent le village en ruines.
S09E05 - Le pouvoir supposé renfermé
Naruto se rend chez Yakumo, où il trouve Kurenaï dans une situation désespérée. Yakumo lutte contre une entité malveillante qui habite son subconscient.
S09E06 - L'objet d'art rare
Naruto et Kiba ont pour ordre d'escorter un homme qui transporte un bol rare et précieux. Leur client complique la mission et les met plusieurs fois en danger.
S09E07 - Les ennemis sont les Shinobazu !
Gantetsu, ancien membre d'un gang de ninjas criminels, demande à être escorté pour sortir du village caché de Konoha.
S09E08 - La forêt de l'illusion
Après avoir esquivé une attaque de bandits, Naruto, Gantetsu et Todoroki traversent la forêt où ils sentent qu'une chose étrange s'y prépare.
S09E09 - Souvenirs dans le feu
La relation entre Gantetsu et Todoroki est dévoilée. De leur côté, Sakura et Lee se retrouvent encerclés par un groupe d'enfants qui demandent le retour de Gantetsu.
S09E10 - Chacun son chemin !
L'équipe de Konoha est enfin au complet. Après un rude combat, Naruto réussit à vaincre son ennemi, mais Akio, le jeune frère de Todoroki, est enlevé.
S09E11 - La mémoire perdue
Naruto rencontre un jeune homme blessé qui a perdu la mémoire. Impressionné par sa gentillesse, Naruto insiste pour qu'il reste au village.
S09E12 - La vérité retrouvée
Tsunade croit que Menma a un lien avec le village caché d'Oto. Naruto et le groupe se rendent au pays des Rizières pour vérifier ses souvenirs.
S09E13 - Une mémoire rejetée
Les villageois en colère sont sur le point de s'en prendre à Menma, mais les bandits attaquent à nouveau et l'accusent d'avoir trahi leur gang.
S09E14 - Le maître disparu
Un groupe mystérieux nommé les Shitenshônin kidnappe Matsuri, une étudiante de l'Académie. Le village de Suna demande à Tsunade de leur venir en aide.
S09E15 - L'alliance avec Suna
Shikamaru envoie Shino, Hinata et Neji à la poursuite de l'ennemi. L'équipe de Shikamaru attend le moment opportun pour attaquer.
S09E16 - La contre-attaque de Suiko
Gaara semble gagner du terrain sur ses adversaires, mais il tombe dans un piège et est emprisonné dans une sphère en métal.
S09E17 - L'arme ultime ressuscitée
Gaara et Naruto font tomber Hôki, le dernier des Shitenshônin, dans un ravin. Il leur explique qu'ils sont d'anciens shinobi du village de Takumi.
S09E18 - Départ en voyage
Gaara se transforme en Shukaku, le démon du sable, et remporte une victoire écrasante. Après la bataille, Naruto quitte le village avec Jiraiya pour aller s'entraîner.