Alors que la chute du Shogun plonge le pays dans le chaos, un assassin au service du gouvernement trahi par sa hiérarchie fomente une insurrection. Armé de son sabre à lame inversée, Kenshin prend part au combat que livrent les forces de police pour empêcher le despote de brûler Kyoto.
A l’aube d’une ère nouvelle, le légendaire tueur Battosai décide de se retirer. Dix ans plus tard, un homme doté d’une incroyable dextérité fait son apparition. Ce combattant hors pair qui se fait appeler Kenshin rôde tel un vagabond sur les routes du Japon.
Des années après une retraite bien méritée d'une formidable vie de ninjas, une famille dysfonctionnelle doit reprendre du service pour faire face à une série de menaces.