En 2022, l'humanité a réussi à créer une réalité virtuelle. Grâce à un casque, les humains peuvent se plonger entièrement dans le monde virtuel. Mais voila que le premier jour de jeu, 10 000 personnes se retrouvent piégées dans cette réalité virtuelle par son créateur : Akihiko Kayaba.
Juin 1983. Keiichi Maebara vient emménager et lieravec quatre de ses camarades de classe qui l'acceptent dans leur club d'amateurs de jeux de société. Leur bonne entente commence à se détériorer quand Keiichi apprend qu'un meurtre horrible a été commis quatre ans auparavant.
Yato est un dieu qui rêve de devenir la divinité la plus vénérée du pays. Pour ce faire, il exauce n'importe quelle demande contre une rémunération de 5 yens. Au cours de l'une de ses missions, il manque de se faire écraser par un bus qu'il évite grâce à une lycéenne, Hiyori Iki qui voit alors son âme se séparer de son corps.
Après avoir perdu leur mère, Edward et Alphonse tentent de la ramener à la vie grâce à une transmutation humaine. Tabou de l'alchimie, Edward perd un bras et une jambe alors que son frère Alphonse perd son corps, en guise de punition. Après qu'Edward ait réussi à enfermer l'âme de son frère dans une armure, ils décident de partir à la recherche de la pierre philosophale, qui leur permettrait de regagner leurs corps.