En 2017, le Japon vit sous le joug de l'empire de Britannia. Rebaptisé "Zone Eleven", le pays subit quotidiennement la terreur de l'occupant qui réprime toute sédition grâce à ses armées de ...
Trois jeunes apprentis faucheurs d'âmes, de l'école Shibusen, apprennent à devenir de vrais faucheurs d'âmes confirmés. Pour se faire, ils possèdent des armes humaines pouvant prendre l'apparence d'armes diverses. Malheureusement de nombreux obstacles barrent la route des protagonistes.
Haruka, Makoto et Nagisa apprennent que leur club de natation de primaire va bientôt être détruit et décident d'y retourner. C'est là qu'ils croisent Rin, ancien membre de leur équipe de relais.