Un jour, de mystérieuses sphères, abritant d'étranges parasites, se répandent sur Terre. Rapidement, les entités prennent possession de certains habitants. Shinichi, jeune lycéen, est un « hôte » dont le cerveau a miraculeusement été épargné : et pour cause, Migi, son parasite, a pris possession de son bras droit ! Ce cas exceptionnel va déboucher sur une singulière cohabitation.
Depuis la disparition de son père, Asuna une jeune écolière, a pris pour habitude de s’isoler dans les collines pour écouter les chants étranges provenant d’un émetteur qu’il lui a légué. Sur la route menant à son refuge secret, elle est attaquée par un monstre gigantesque...
Rock Lee n'a qu'une idée en tête: devenir le plus des ninjas. Le seul problème est qu'il n'a aucune technique et ne maîtrise pas le ninjutsu, la base de tout bon ninja qui se respecte! Heureusement Rock Lee ne désespère pas. Aidé de ses amis, il fera tout pour atteindre son but.
Natsu, jeune fille timide, découvre qu'elle fait partie d'un groupe choisi pour assurer la survie de l'humanité sur une Terre qui a radicalement changé.
Dans le village de Konoha vit Naruto, un jeune garçon détesté et craint des villageois, du fait qu'il détient en lui Kyuubi (démon renard à neuf queues) d'une incroyable force. Naruto rêve de devenir le plus grand Hokage de Konoha afin que tous le reconnaissent à sa juste valeur. Mais la route pour devenir Hokage est très longue.
Alors que Dhaos, le Roi Maléfique, a été libéré, il est bien décidé à mener à bien ses projets ... Mais Cless Alvein, preux chevalier, se dresse sur son chemin. Il doit maintenant retourner ...