Angleterre 1868, Lord George Joestar, un noble anglais, est sauvé d'un accident de calèche avec son fils par, Dario Brando. 12 ans plus tard, Dario meurt et envoie son fils Dio vivre chez les Joestar et auprès du fils du Lord, Jonathan, surnommé Jojo. Leur destin à tous les deux va se retrouver lié avec un étrange masque aztèque aux capacités mystérieuses...
L'histoire se déroule dans un monde chaotique où les humains tentent de survivre face aux Kabane. Ikoma, vit désormais dans une forteresse pour se protéger. Mais il a la ferme intention de lutter pour survivre.
Maru et sa garde-du-corps tentent de survivre dans un monde désolé peuplé de pillards et de monstres difformes. Leur objectif : atteindre "le paradis".