L'idée de tourner Résistance Naturelle est parvenue à Jonathan Nossiter suite à une discussion entre amis. Le réalisateur affirme à cet effet ne pas avoir l'impression d'être à l'origine du documentaire.
Résistance Naturelle a été tourné dans des vignobles toscans, en Italie. Le réalisateur a parcouru trois régions réputées pour leur vin : l'Émilie-Romagne, les Marches et le Piémont.
Parmi les participants au documentaire de Jonathan Nossiter, on peut reconnaître Gian Luca Farinelli. Ce dernier n'est autre que le directeur de la cinémathèque de Bologne. Il a notamment restauré le classique d'Alain Resnais, Hiroshima, mon amour.
Dix ans après Mondovino, documentaire sur l'univers du vin, Jonathan Nossiter est de nouveau allé à la rencontre de viticulteurs, pour cette nouvelle réalisation. Il ne faut cependant pas considérer ce film comme la suite du premier.
Filmé et monté avec les moyens du bord, Résistance Naturelle va à la rencontre de ces viticulteurs ayant fait le choix de produire un vin bio, artisanal et naturel, sans pesticides. Ces artisans dénoncent les normes industrielles qui selon leurs dires, représentent un frein à la production de vin de qualité.
Le film a été sélectionné dans la section Panorama du Festival du Film international de Berlin, où il a été très remarqué.