En 2022, l'humanité a réussi à créer une réalité virtuelle. Grâce à un casque, les humains peuvent se plonger entièrement dans le monde virtuel. Mais voila que le premier jour de jeu, 10 000 personnes se retrouvent piégées dans cette réalité virtuelle par son créateur : Akihiko Kayaba.
Angleterre 1868, Lord George Joestar, un noble anglais, est sauvé d'un accident de calèche avec son fils par, Dario Brando. 12 ans plus tard, Dario meurt et envoie son fils Dio vivre chez les Joestar et auprès du fils du Lord, Jonathan, surnommé Jojo. Leur destin à tous les deux va se retrouver lié avec un étrange masque aztèque aux capacités mystérieuses...
Vingt-six ans après la mort étrange d'une élève, un jeune garçon nommé Koichi Sakakibara fait la connaissance d'une camarade très mystérieuse à laquelle aucun autre élève ne semble parler ou prêter attention.