Satoru Fujinuma, 29 ans, possède un don exceptionnel : lorsqu'une catastrophe est sur le point de se produire, il est projeté quelques minutes dans le passé afin de sauver le plus de vies possible. Néanmoins, il se blâme de ne pas avoir pu sauver Kayo Hinazuki, une petite fille qui aurait été assassinée quand il était enfant. Jusqu'au jour où il se réveille 18 ans en arrière, avec la possibilité de tout changer.
Dans un monde fantastique, Subaru Natsuki rencontre Émilia, une jeune fille qu’il jure de protéger. Malheureusement, le jeune homme se fait tuer rapidement. Pourtant, il revient d’entre les morts. Subaru entame alors un combat perpétuel dans lequel il essaie de changer le futur...
L'histoire se déroule dans un monde chaotique où les humains tentent de survivre face aux Kabane. Ikoma, vit désormais dans une forteresse pour se protéger. Mais il a la ferme intention de lutter pour survivre.