Wendy raconte à Jane, sa fille de douze ans, des histoires sur le Pays Imaginaire, mais celle-ci n'y croit pas du tout... jusqu'au jour où elle est enlevée par le capitaine Crochet. Ce dernier pense se servir d'elle pour capturer Peter Pan.
Le film suit Soren, une chouette fascinée par les histoires épiques que lui racontait son père sur les Gardiens de Ga'Hoole, une bande de guerriers ailés qui avait mené une grande bataille pour sauver la communauté des chouettes des Sangs Purs...
Son nouveau père l'ayant défendu de quitter le village, Mowgli se glisse discrètement au dehors avec l'aide de Baloo. Shanti, sa nouvelle amie, se lance à sa poursuite dans la jungle, mais le serpent Kaa et le tigre Shere Khan ne sont pas loin...