Installé dans sa nouvelle famille à Londres. Paddington est devenu un membre populaire de la communauté locale. A la recherche du cadeau parfait pour le 100e anniversaire de sa chère Tante Lucy, Paddington tombe sur un livre animé exceptionnel.
Paddington raconte l'histoire d'un jeune ours péruvien fraîchement débarqué à Londres, à la recherche d'un foyer et d'une vie meilleure. Il réalise vite que la ville de ses rêves n'est pas aussi accueillante qu'il croyait. Par chance, il rencontre la famille Brown et en devient peu à peu un membre à part entière.
1941. Napoléon V règne sur la France, où, comme partout sur le globe, depuis 70 ans, les savants disparaissent mystérieusement, privant l’humanité d’inventions capitales. C’est dans ce monde étrange qu’une jeune fille, Avril, part à la recherche de ses parents, scientifiques disparus.