Cette nouvelle aventure du célèbre détective se déroule en mer, près de l'île de Hachijô, Tokyo. Conan reçoit un appel de Subaru Okiya l’informant qu’une employée d’Europol a été assassinée en Allemagne par Gin, de l’Organisation des Hommes en Noir.
À Téhéran, un homme et une femme découvrent par hasard qu’un autre couple leur ressemble trait pour trait. Passé le trouble et l’incompréhension va naître une histoire d’amour... et de manipulation.
À la suite de morts suspectes, Inès Léraud, jeune journaliste, décide de s’installer en Bretagne pour enquêter sur le phénomène des algues vertes. À travers ses rencontres, elle découvre la fabrique du silence qui entoure ce désastre écologique et social. Face aux pressions, parviendra-t-elle à faire triompher la vérité ?