Yaiba est un jeune samouraï d'une dizaine d'année, élevé dans la jungle par son père, Kenjûrô. Il montre déjà des dons pour cette technique de combat. Soudainement, son père et lui se retrouvent à Tokyo. À l'aéroport, Kenjûrô y rencontre une vieille connaissance, Raizô.
Tomoro Tenma vit dans un monde où les pensées et les émotions humaines (appelées “e-Pulse“) alimentent des appareils IA, les Sapotama. Mais lorsque des Digimon commencent à se matérialiser à partir des Sapotama et à se nourrir d'e-Pulse, le monde est en danger.
Les aventures de quatre mousquetaires qui, avec l'aide de leur capitaine, essayent de défendre la patrie de leur jeune Roi Louis XIV et de protéger l'honneur des mousquetaires du terrible Cardinal Mazarin.