Batman : L'Alliance des Héros met en scène Batman dans des aventures où il est amené à travailler en duo avec d'autres super-héros DC tels que Aquaman, Green Arrow, Plastic Man, Red Tornado ou le jeune Blue Beetle.
Dans un monde semblable à notre 19e siècle mais plus technologiquement avancé, Claus Valca et Lavie Head sont orphelins. Cette enfance les a conduit a marcher sur les traces de leurs pères respectifs, pilotes d'un type d'avion biplace appelé Vanship.
Mafalda est une petite fille de 7 ans très précoce incapable de supporter l'horreur du monde. Défaut ou qualité, sa curiosité est sans limite. Incapable de se raisonner, elle a soif de connaissance et persécute les adultes pour obtenir ses réponses.