Cinq ans se sont écoulés après la première guerre opposant l'humanité aux tomates tueuses. Toutefois, dans la ville de San Zucchini, un savant, le professeur Putrid Gangrène travaille sur une nouvelle race de tomates : une nouvelle guerre se prépare...
Dans les années 30. Stéphane, un jeune garçon, recueille Julie, une fillette de cinq ans qui vient de perdre ses parents dans un accident d'avion. Quelques années plus tard, Julie tente d'en apprendre davantage sur son passé et part avec Stéphane à la découverte de ses origines.
Dans un monde semblable à notre 19e siècle mais plus technologiquement avancé, Claus Valca et Lavie Head sont orphelins. Cette enfance les a conduit a marcher sur les traces de leurs pères respectifs, pilotes d'un type d'avion biplace appelé Vanship.