Kaibuki Akira et son unité représentent le dernier espoir de l’humanité. Ils sont en effet les seuls capables de piloter les robots "Aquarion", chargés de protéger Tokyo des MJBK, des monstres qui menacent la ville.
Secondée par son fidèle équipage, Pirata sillonne le Grand Océan à bord de son vaisseau le « Crâne Rose » à la recherche de trésors enfouis. Capitano, ami de toujours de notre pirate, veille sur elle et son équipage à bord de son hydravion. Ils découvrent des îles mystérieuses, des récifs coralliens, des coffres aux trésors flottants, des épaves mystérieuses.