L'Arme Ultime raconte l'histoire de deux adolescents: Shûji et Chise. Il est sportif et sérieux ; elle est timorée et ses résultats scolaires sont médiocres. Néanmoins le destin les unit quand Chise trouve le courage d'avouer ses sentiments à Shûji, devenant ainsi sa petite amie.
C'est l'histoire d'un garçon de 15 ans, nommé Tetsunosuké Ichimura, qui décide de devenir plus fort afin de venger ses parents. Ces derniers ont été assassinés par les extrémistes Chochu, clan très puissant favorable à l'empereur.