Kaibuki Akira et son unité représentent le dernier espoir de l’humanité. Ils sont en effet les seuls capables de piloter les robots "Aquarion", chargés de protéger Tokyo des MJBK, des monstres qui menacent la ville.
Kuromine Asahi est un lycéen incapable de mentir. Un jour, il découvre que Yôko, la fille dont il est tombé amoureux, est en réalité un vampire ! Asahi va à la fois devoir garder un secret pour la première fois de sa vie, mais également protéger Yôko des êtres surnaturels qui lui en veulent.
Quand une force maléfique menace son village, un adolescent capable de parler aux fantômes met son don à profit et s'attaque aux légendes, une par une.