Six semaines après avoir débuté, la nouvelle mission est toujours au même point. C'est alors que le capitaine Archer apprend l'existence d'un travailleur Xindi dans une colonie minière. C'est leur seul espoir d'en apprendre un peu plus sur la race extraterrestre qui a attaqué la Terre...
S03E02 - La Fin justifie les moyens
En route pour la cité minière, le vaisseau Enterprise est confronté à de mystérieuses perturbations spatiales avant d'être attaqué par des pirates osaariens qui s'emparent de leurs précieuses réserves...
S03E03 - Métamorphoses
En mission sur une planète sur laquelle s'est écrasé un vaisseau xindi, Archer, Reed et Hoshi sont contaminés par un virus mutant. Seul T'Pol semble être bien portant...
S03E04 - L'Espion qui l'aimait
Après avoir sauvé l'esclave Rajiin d'un marché alien, Archer a bien l'intention de la ramener sur sa planète. Cependant, celle-ci a tôt fait d'utiliser ses pouvoirs érotico-hypnothiques sur les membres de l'équipage afin de fournir des informations à ses maîtres xindis...
S03E05 - Piégée
Un appel de détresse d'un vaisseau vulcain est détecté. Le navire localisé est à la dérive dans un champ d'astéroïdes. A l'intérieur, Archer et ses hommes découvrent des survivants devenus des morts-vivants particulièrement violents. Peu après, T'Pol se conduit bizarrement...
S03E06 - La Bête et la belle
Hoshi est contacté par un puissant télépathe nommé Tarquin qui se propose de lui fournir d'inestimables renseignements sur les Xindis en échange de sa présence sur sa planète...
S03E07 - Cargaison maudite
Arrivés sur une colonie xindi, Archer, Reed et le major Hayes partent en reconnaissance dans une entreprise d'armements. Ils interrogent le responsable et découvrent qu'il n'est pas au courant de l'attaque terrestre. Ce dernier décide même de ralentir la production d'armes...
S03E08 - Une Autre dimension
Amnésique depuis son accident, Archer constate soudain que douze ans ont passé, qu'il vit sur une planète avec T'Pol, que la Terre a été détruite et qu'il n'est plus le commandant...
S03E09 - Les Hors-la-loi
L'Enterprise se rend sur une planète peuplée d'humains vivant au temps du Far West et découvre que ces derniers, amenés en ces lieux pour servir d'esclaves, se sont rebellés et sont devenus les nouveaux maîtres, infligeant aux Skagarans les pires humiliations...
S03E10 - Le Clone
Lors d'une manoeuvre pour optimiser la puissance du navire, Trip est sérieusement blessé et le vaisseau endommagé. Le Dr Phlox crée alors un symbiote dont le tissu nerveux pourra être transplanté sur l'invalide. Baptisé Sim, le clone a une durée de vie limitée et surprend l'équipage avec ses souvenirs propres à Trip...
S03E11 - Virus
Après avoir appris par Daniel que trois Xindis-Reptiles se trouvaient dans le Michigan, au début du 21ème siècle, le capitaine Archer et T'Pol décident de faire un saut dans le passé afin de découvrir ce qu'ils trament. Ils s'aperçoivent alors, qu'obéissant aux ordres xindis, un certain Loomis a kidnappé des gens afin d'expérimenter une nouvelle arme...
S03E12 - Les Ennemis de la vérité
En volant à la rescousse d'un vaisseau triannon, l'Enterprise est tombée dans un piège. D'Jamat et ses partenaires menacent de détruire le vaisseau à moins que le capitaine Archer ne coopère à son projet de destruction de toute créature opposée à sa foi...
S03E13 - Un Allié incertain
En mission pour détruire le prototype de l'arme suprême xindie, le vaisseau Enterprise est confronté à un champ d'anomalies spatiales et est sérieusement accidenté. Sous le commandement de Shran, un navire andorien lui porte secours et décide de s'allier à lui contre les Xindis...
S03E14 - Simulations
Le capitaine Archer attire le Xindi Degra dans un piège afin de lui faire avouer le lieu de fabrication de l'arme suprême...
S03E15 - Le Cobaye
Archer et son équipage viennent en aide à un alien mourrant pris au piège de son vaisseau accidenté. Une fois rendus à l'infirmerie de l'Enterprise, Phlox tente de le soigner et le capitaine de le faire parler...
S03E16 - Seul dans l'espace
Se rendre sur le système Azati Prime est beaucoup plus hasardeux que ce que le capitaine Archer présumait. Le vaisseau doit faire face à d'importantes perturbations gravitationnelles qui prendraient plusieurs semaines à contourner. Archer décide donc d'autoriser Phlox à plonger l'équipage dans un coma artificiel. Mais, bientôt, alors que l'Enterprise semble être prise au piège de cette zone dangereuse, Phlox souffre d'étranges hallucinations...
S03E17 - Mutinerie
En reconnaissance à l'intérieur d'un vaisseau xindi-insectoïde, Archer et ses hommes constatent que tous les membres de l'équipage sont morts et qu'il existe une chambre d'incubation d'oeufs insectoïdes. Déterminé à les emmener pour les analyser, Archer est confronté à l'opposition radicale de son équipe...
S03E18 - Intrigues
Finalement arrivé dans le système Azati Prime, où l'arme suprême xindie est dans sa construction finale, l'équipage de l'Enterprise réalise que seule une mission suicide pourra la détruire. C'est alors que Daniels apparaît et entraîne Archer dans le futur...
S03E19 - Le Devoir du capitaine
Après l'attaque xindie, l'Enterprise n'est plus qu'une épave. D'une manière inattendue, le capitaine Archer est renvoyé sur son vaisseau et informé que certains membres du Conseil situé à des années-lumière souhaitent le rencontrer au plus vite...
S03E20 - L'Alliance de l'espoir
Apprenant que l'arme doit être lancée sous peu, Archer tente de rencontrer en secret Degra et un membre du Conseil afin de leur prouver que les humains ne sont pas leurs ennemis...
S03E21 - Conflit de génération
Sur le trajet du Conseil xindi, Archer et ses hommes croisent un navire NX-01, la réplique de l'Enterprise commandée par ses descendants. Ces derniers leur apprennent que le raccourci qu'ils s'apprêtent à prendre les ramènera 100 ans en arrière...
S03E22 - Trahison
Avec l'aide de Degra, Archer tente de convaincre le Conseil de ne pas détruire la Terre tout en le persuadant de la terrible machination des constructeurs de sphères. Pendant ce temps, Reed et T'Pol infiltrent une des sphères...
S03E23 - Compte à rebours
Dans une course contre la montre pour arrêter l'arme destructrice, Archer se voit contraint de négocier avec les Xindis...
S03E24 - Le Dernier combat
Alors qu'Archer entraîne une partie de son équipage dans une délicate mission pour arrêter l'arme xindie dirigée sur la Terre, les autres sont confrontés aux constructeurs de sphères...