Les Octonauts découvrent quelque chose d'incroyable dans la zone de minuit. Cassie souhaite le prendre en photo mais elle est prise au piège avec Kwazii dans un champs de jaser.
S03E02 - Les Octonauts et les oursons d'eau
Les Octonauts découvrent une pierre parlante qui est en réalité un ourson d'eau. Dans un tunnel de lave, Franck, l'ourson d'eau, va donner une leçon de vie à Peso.
S03E03 - Les Octonauts et le cône géographe
Le Capitaine Barnacles demande à Peso d'apprendre à piloter l'Octocapsule. Lorsqu'un cône géographe appeuré se retrouve dans la capsule, il empoisonne tout l'équipage. Peso doit se débrouiller seul alors qu'une tempête approche !
S03E04 - Les Octonauts et le récif artificiel
Les Octonauts découvrent un récif de corail où tous les poissons et êtres vivants vivent en paix. Jusqu'au moment où le récif, touché par les courants, est dévasté. Les Octonauts, pour protéger ses habitants, décident d'en recréer un, artificiel !
S03E05 - Les Octonauts et les baleines à bosse
Les Octonauts découvrent le trésor de Barbe Blanche en Arctique. Juste avant de pouvoir ouvrir le coffre fort contenant le trésor, la clé est avalée par une sardine qui passait par là. Les octonauts aidés des baleines à bosse poursuivent le banc de sardine pour récupérer la clé.
S03E06 - Les Octonauts et les pélicans
Une nappe de déchets recouvre l'océan. Les Octonauts doivent agir afin d'aider des pélicans blessés par la polution. Chacun se met au travail pour nettoyer tout ça !
S03E07 - Les Octonauts et les cochons de mer
Des cochons de mer sont en danger ! Ils se dirigent tout droit vers une faille dans le but de trouver de la nourriture. Les Octonauts, aidés des Végétaux, vont devoir leur venir en aide en créant un festin !
S03E08 - Les Octonauts et le crabe Yéti
Les Octonauts doivent faire des vérifications sur le Gup-X dans la zone de Minuit. Sur le chemin ils font la connaissance d'un crabe assez particulier !
S03E09 - Les Octonauts et les barracudas
Les Octonauts et les Végétaux doivent replanter des graines pour aider la forêt à repousser. Cependant ils se font soudainement attaquer par des bêtes mystérieuses.
S03E10 - Les Octonauts et les ornithorynques
Des intempéries influent le courant marin expulsant de chez eux tous les poissons et animaux de la mer. Les Octonauts doivent agir vite mais ne se doutent pas qu'ils sont épiés par des bêtes mystérieuses.
S03E11 - Les Octonauts et les patineurs des mers
Les Octonauts suivent un banc de plancton mais Kwazii s'ennuie ! Il va pouvoir partir en mission lors du sauvetage de patineurs des mers.
S03E12 - Les Octonauts et les poissons grenouilles
Les crues empêchent les poissons grenouilles de se réfugier chez eux ! Les Octonauts doivent leur trouver un nouvel habitat !
S03E13 - Les Octonauts et le phoque
Les octonauts font appel à Harry le phoque détective afin de retrouver une patiente de Pesso, Nora poisson ventouse embarqué par un espadon.
S03E14 - Les Octonauts et la méduse à crinière de lion
S03E15 - Les Octonauts et les crabes rouges
Les octonauts aident des crabes rouges et des iguanes ayant fortement dérivés à retrouver leur habitat d'origine aux îles Galapagos.
S03E16 - Les Octonauts et l'éponge de mer
S03E17 - Les Octonauts et la méduse immortelle
Les Octonauts trouvent sur leur chemin une méduse immortelle, une espèce très rare. Shellington est prêt à tout pour pouvoir observer le métabolisme de cet être vivant immortel !
S03E18 - Les Octonauts et l'invasion d'oursins
Les Octonauts se promènent dans une forêt de varech lorsqu'ils se rendent compte que toutes les algues sont déracinées. Shellington, sa sœur et son neveu vont aider les Octonauts à protéger la flore végétale du fond de l'océan.
S03E19 - Les Octonauts et les requins marteaux
Des bébés requins marteaux livrés à eux-mêmes errent dans le lagon.
S03E20 - Les Octonauts et la tortue caouanne
Une tortue de mer aide Barnacles à retrouver l'Octocapsule lorsque l'équipage se retrouve séparé du Gup-X après un séisme.