Alors que Naofumi se prépare au retour du Phénix, des assassins de Q'ten Lo s'en prennent à Raphtalia, la prenant pour une usurpatrice du trône. Pour résoudre le conflit, Naofumi se rend à Siltvelt où il est acclamé comme un sauveur demi-humain. Mais il ne fait pas l’unanimité. Dans un Q'ten Lo politiquement instable, Raphtalia devient un symbole révolutionnaire. Au milieu du chaos qui s'installe, Naofumi pourra-t-il unir ses alliés ?