L'équipe des X-Men ayant été dispersée à travers le temps, il revient aux mutants survivants de les ramener dans leur ligne temporelle actuelle : les années 90. En leur absence, de nouveaux ennemis émergent tandis que l’intolérance envers les mutants atteint un niveau inédit. Séparés et affaiblis, les X-Men devront faire face à leur plus terrible menace : un mutant immortel et mégalomane connu sous le nom d’Apocalypse.