Le lycée Kōdo Ikusei est considéré comme le meilleur établissement éducatif du Japon. Dans cet établissement, les points remplacent l'argent et permettent d'acheter tout ce que l'on souhaite. Qualifié de système S, le nombre de points total répartit les classes en quatre catégories, allant de la meilleure classe à la plus mauvaise. Lors de son examen d'entrée, Kiyotaka Ayanokōji se retrouve assigné dans la classe D, le niveau le plus bas de tout l'établissement où l'on y a jeté tous les élèves "inférieurs" afin de les ridiculiser. Après avoir rencontré Suzune Horikita et Kikyō Kushida, deux filles de sa classe, Kiyotaka Ayanokōji décide de coopérer afin d'améliorer les notes de la classe, et de la même façon leurs points…