S03E01 - Muriel et son double / Courage contre Méga Courage
Un couple en cavale, Maria et Mano, gare sa remorque à deux pas de la ferme. La femme se déguise en Muriel pour dérober un diamant et la faire ainsi arrêter à sa place. Courage doit intervenir pour que les choses rentrent dans l'ordre
S03E02 - Le camping de l'horreur / 33 tours et puis s'en vont
Alors que la famille fait du camping, deux ratons laveurs s'emparent de Muriel sous les yeux d'Eustache qui, installé devant son poste de télévision, ne voit rien.
S03E03 - De l'orage dans l'air / Le marchand de sable
Une déesse de la tempête, qui est à la recherche de son chien, aperçoit Courage et aimerait qu'il le remplace. Muriel doit trouver un moyen de l'empêcher d'emmener Courage.
S03E04 - Une idée géniale / La chevauchée des Walkyries
Eustache est malade, et lorsque Muriel tente de trouver une recette miracle pour le soigner sur Internet, elle est aspirée par l'ordinateur.
S03E05 - Okay corail / Contamination
Alors qu'elle fait de la plongée, Muriel découvre les Coralites, un peuple minuscule qui vit à l'intérieur du récif de corail. Ma arrive sur place et sa gloutonnerie menace le petit peuple. Muriel et Courage doivent trouver un moyen d'arrêter Ma et de sauver les Coralites.
S03E06 - Croisière Katz / Le rideau de cruauté
Muriel décide de devenir la cuisinière sur le nouveau sous-marin nucléaire de la Marine de Nullepart. Courage découvre que le second est un espion qui travaille pour un constructeur naval concurrent, et qui a pour ordre de couler le sous-marin.
S03E07 - L'invasion des crapauds buffles / Le ver des sables
Une tribu de grenouilles belliqueuses s'empare de la ferme et force Eustache et Muriel à se convertir au grenouillisme, une croyance selon laquelle les batraciens gouvernent le monde. Ils doivent apprendre à vivre comme des grenouilles et sont forcés de construire un nouveau bassin.
S03E08 - Le mystère du Louvre / La nuit de l'épouvantail
Pendant leurs vacances en Europe, Muriel, Eustache et Courage se font enfermer par mégarde dans un musée à l'heure de la fermeture. Pendant la nuit, Mona Lisa et Le Penseur prennent vie. Ils obligent Muriel et Eustache à prendre leurs places.
S03E09 - Mondo, l'illusionniste / Nounou de Piou Piou
Une horrible créature transforme Muriel en monstre. Courage doit trouver un moyen d'inverser le sort avant que la transformation de son amie ne soit irréversible.
S03E10 - Le banc des accusés / Bêtes et méchants
Muriel, Eustache et Courage se retrouvent sur le banc des accusés du monde des poissons. Ils sont condamnés à vivre en aquarium.
S03E11 - Le carnivorium / Le blues du bonhomme de neige
Eustache lit dans le journal que «Méga-Légume Fermaceutique» versera une belle somme d'argent aux volontaires qui accepteront de vivre dans un dôme géodésique pour tester ses nouveaux produits agricoles. Il décide alors de s'inscrire.
S03E12 - Le club du patchwork / Un vent de mesquineries
Alors qu'elle achète un duvet, Muriel rencontre deux femmes qui lui parlent de leur club de duvet. Muriel leur demande si elle peut en faire partie, mais elles lui répondent qu'elle doit tout d'abord faire ses preuves.
S03E13 - Le roi du flan / Courage au cœur du volcan
Un fabricant de flan diffuse des publicités hypnotisantes afin d'augmenter ses ventes. Seul Courage résiste aux effets de l'annonce publicitaire.