Année 1614, ère d'Edo, deux clans ninja légendaires Koga et Iga, ennemis depuis 400 ans s'affronte, chacun supportant un des deux fils du shogun Tokugawa Ieyasu. En effet, celui-ci a décidé que celui de ses deux fils qui lui succédera sera désigné par l'issue de la confrontation des deux clans.