Le Jour Promis est là. Edward et Alphonse n'ont plus que cette occasion pour mettre un terme au plan diabolique de Père et retrouver leurs corps.
Edward et Alphonse punis dans leur chair, se retrouvent séparés après qu'un conflit ait éclaté au Nord et rejoignent Central, chacun de leur côté avant le Jour Promis.
Une expérience d'alchimie ayant détruit leurs corps, les frères Alphonse et Edward partent au Nord, à la recherche de May, pour en apprendre plus sur l'Elixirologie.
Edward et Alphonse poursuivent leur quête périlleuse de la mythique pierre philosophale, mais ils trouvent sans arrêt des adversaires imprévisibles sur leur chemin.
Deux frères, Edward et Alphonse, ignorent les mises en garde contre l'utilisation d'une science taboue pour ramener leur mère à la vie.
Série d'OAV, petits épisodes hors-saisons qui se concentrent sur les différents personnages.