Lors d’un voyage gastronomique au Japon, Scooby-Doo et Sammy libèrent accidentellement des centaines de monstres mythiques qui plongent le pays dans un joyeux chaos. Aidés de l’oncle de Scooby, Daisuke-Doo, ainsi que de leurs nouveaux amis — Yume, une jeune magicienne, et Takumi, un génie des gadgets — la bande se lance dans une aventure trépidante mêlant mystères, chasse aux monstres et catastrophes hilarantes.