Les kaiju sont d'effroyables monstres géants qui surgissent de nulle part pour attaquer la population. Au Japon, ces apparitions font désormais partie du quotidien. Enfant, Kafka Hibino rêvait d'intégrer les Forces de Défense pour combattre ces terribles ennemis.
Momo Ayase et Ken Takakura sont deux lycéens que tout oppose. Tandis que la première ne croit qu'aux esprits, le second ne jure que par les extraterrestres. Chacun va faire une rencontre d'un autre genre qui va bouleverser leurs vies et lier leurs sorts.