Dans un lointain futur, la Terre est en ruine et l’humanité s’est retranchée dans une ville fortifiée mobile. Un quartier est dédié à la formation de jeunes pilotes.
Alors que le champion d'arts martiaux Baki Hanma s'entraîne dur pour surpasser le niveau légendaire de son père, cinq rivaux débarquent à Tokyo dans le but de l'affronter.