Du collège, Futaba Yoshioka n'a pas vraiment de bon souvenirs. Jugée "très mignonne", elle avait rapidement été jalousée par ses amies et mise à l'écart par toutes les autres filles. De plus, le garçon qu'elle aimait en secret, Kô Tanaka, lui avait posé un lapin alors qu'il l'avait invité. Désormais au lycée, Futaba est bien décidée à changer son image et à repartir de zéro : nouvel établissement, nouvelles amies... Jusqu'à ce qu'elle découvre que Kô est inscrit dans le même établissement qu'elle.
À l'ère Edo, en 1770, Manji, le samouraï immortel, poursuit sa quête : tuer 1000 scélérats pour racheter ses crimes passés. La jeune Lin, soucieuse de venger sa famille quémande son aide et ensemble, ils partent en guerre contre la terrible école du Ittô-Ryû.
Ryōta Sakamoto se retrouve coincé à l'intérieur de son jeu favoris, sur une île tropicale. Pour en échapper, il doit réunir 7 pierres, qu'il obtient en tuant d'autres personnes.
Hachiman, un lycéen intelligent et asocial, se voit contraint d'intégrer le club d'assistance pour aider les élèves en difficulté de son lycée. Hachiman se révèle rapidement indispensable pour trouver les solutions grâce à ses méthodes efficaces mais peu orthodoxes...
Shirô Emiya est le fils adoptif de Kiritsugu Emiya, un mage ayant déjà participé à la "Guerre du Saint Graal". Cette guerre oppose 7 mages et 7 Servants, des "âmes héroïques" ramenés à la vie le temps des combats. 10 ans après son père, Shirô participera à une nouvelle guerre entre mages, accompagné du Servant de classe Saber.
Des factions s’affrontant à l’aide de pouvoirs psychiques ont consolidé leur emprise sur les hautes sphères du Japon. Longtemps déchiré par ces guerres claniques, le Japon connaît à présent une période de calme. C’est dans cette paix de façade qu’un membre de la HOMRA, le clan rouge, est sauvagement assassiné.
Après avoir perdu la vie dans un accident de la route, Kazuma Satô voit apparaître devant lui une ravissante déesse, Aqua. Elle lui propose d’être réincarné dans un autre monde et d’emporter une seule chose avec lui. Kazuma choisit… la déesse !
Charuko et ses amis n'ont jamais vu ou même entendu parler d'humains en dehors de leur île, la Baleine de Boue, voguant à travers la mer de sable. Jusqu'au jour où, au cours de l'exploration d'une île dont la taille est comparable à la leur, Charuko fasse la rencontre d'une fille qui changera son destin.