Au nord du Japon, à Yamagata, où Daigo Kobayashi retourne avec son épouse, après l'éclatement de l'orchestre dans lequel il jouait. Daigo répond à une annonce pour un emploi "d'aide aux départs", imaginant avoir affaire à une agence de voyages...
Titre original Rurôni Kenshin: Densetsu no Saigo-hen
À la tête d’une armée de mercenaires, le redoutable Shishio est prêt à tout pour renverser le nouveau gouvernement. Kenshin part alors en quête de son ancien maître pour parfaire son apprentissage et tenter de mettre fin au déchainement de violence qui s’est emparé du pays.
Voulant mourir dignement, un samouraï sans ressources, Hanshiro, demande à commettre un suicide rituel dans la résidence du clan Ii, dont l'intendant est Kageyu, un guerrier forte tête.