"Mystères de Lisbonne" nous entraîne dans un tourbillon permanent d’aventures et de mésaventures, de coïncidences et de révélations, de sentiments et de passions violentes, de vengeances, d’amours contrariées et illégitimes dans un voyage mouvementé.
Dans l'Amérique du Sud des années 20, un riche propriétaire terrien, Esteban Trueba, épouse Clara, une jeune femme dotée d'étranges pouvoirs et du don de divination. La popularité politique d'Esteban s'accroit et il voit sa famille se déstabiliser.
Lorsque son fils sort de prison, Joao, un vieux Lisboète déçu de ne pas avoir de descendance, commet une succession d'actes tragiques qui révèlent son penchant criminel et le condamnent à un destin définitivement hors la loi...
Une vieille dame au fort tempérament, sa femme de ménage Cap-Verdienne et sa voisine dévouée à de bonnes causes partagent le même étage d’un immeuble à Lisbonne. Lorsque la première meurt, les deux autres prennent connaissance d’un épisode de son passé...
Ema, pour s'evader de sa vie terre a terre, se refugie dans la poesie et le romantisme. Ses amours successives ne voilent pas sa desillusion progressive et, comme Emma Bovary, la conduisent a la mort.