Gudetama est un œuf qui sait que, tôt ou tard, il sera mangé par un humain. Cependant, le courant de sa courte existence va être dérangé par une petite fille, Shakipiyo, qui lui fait un jour quitter le réfrigérateur dans lequel il se reposait...
Cinq femmes aussi sublimes que mystérieuses emménagent avec Shin, un romancier raté, qui gère leur curieuse maisonnée en échange d'une coquette somme mensuelle.
Alors qu'il traverse un cimetière pour prendre un raccourci, le jeune lycéen Oyamada Manta découvre qu'il a la faculté de voir et d'entendre les fantômes qui n'ont pas encore rejoint l'au-delà. Sa surprise ne s'arrête pas là, puisqu'il fait à cette occasion, la connaissance de Asakura Yoh, un autre jeune garçon à l'allure nonchalante qui se révèle être un Shaman.
Dans un monde semblable à notre 19e siècle mais plus technologiquement avancé, Claus Valca et Lavie Head sont orphelins. Cette enfance les a conduit a marcher sur les traces de leurs pères respectifs, pilotes d'un type d'avion biplace appelé Vanship.
Au 21e siècle, alors que leur existence avait toujours été cachée, surgissent de l'ombre des animaux anthropomorphiques. Michiru, une jeune humaine, se transforme un jour en tanuki : choquée par sa nouvelle forme, elle se réfugie à Anima City. Là, elle fait la rencontre de Shirou, un homme-loup qui dit détester les humains.