Dans un futur proche, un certain Logan, épuisé de fatigue, s’occupe d’un Professeur X souffrant, dans un lieu gardé secret à la frontière Mexicaine. Mais les tentatives de Logan pour se retrancher du monde et rompre avec son passé vont s’épuiser lorsqu’une jeune mutante traquée par de sombres individus va se retrouver soudainement face à lui.
De nos jours, les mutants coexistent avec les humains mais provoquent toujours un vif émoi au sein de la population qui les rejette. Une guerre éclate alors entre les X-Men, les mutants du Professeur X, et ceux de Magnéto, en guerre contre l'humanité...
Les mutants font face à une nouvelle menace : alors que la polémique fait rage autour d'un meurtre commis par l'un d'eux, le mouvement anti-mutants lance une attaque contre leur école. Magnéto se joint aux X-Men dans ce combat pour leur survie...
Né il y a plus de 5000 ans en Egypte ancienne, Apocalypse est le premier mutant au monde. Sa capacité à changer d'apparence, sa force exceptionnelle, ses pouvoirs de télépathie et de téléportation, font de lui un dieu vivant, évoluant à des moments clés de l'Histoire.
Un traitement permet aux mutants d'échapper à ce qu'ils sont. Ils ont le choix : conserver ce qui fait leur caractère unique mais leur vaut la méfiance de l'humanité, ou bien abandonner leurs pouvoirs et devenir des humains à part entière.
Wolverine, l’éternel guerrier marginal, se retrouve au Japon. Vulnérable pour la première fois et poussé au bout de ses limites physiques et émotionnelles, Wolverine affrontera non seulement l’acier mortel du samouraï mais aussi les questions liées à sa propre immortalité.
Ce film nous fait découvrir les origines du plus rebelle des héros Marvel et son histoire avant les événements de la trilogie "X-Men". Hugh Jackman reprend son rôle fétiche de héros au pouvoir de régénération convoité par l'armée...