Le prénom de l'héroïne n'a pas été choisi au hasard. En quechua, "Kayara" signifie "fleur du désert". Une métaphore qui résume le personnage : comme une fleur qui parvient à pousser dans une terre aride, Kayara s'impose dans un univers réservé aux hommes.
Le réalisateur Cesar Zelada a toujours été passionné par l’histoire en général et, en particulier, par celle de l’Empire inca. Il a beaucoup voyagé à travers le Pérou, s'intéressant de près aux civilisations pré-Incas et aux sites archéologiques incas. Il raconte : "Quand je me suis rendu au Machu Picchu pour la première fois, ce n’était pas en tant que touriste, mais comme assistant lumière pour un tournage de publicité. En réalité, j’ai ressenti comme une communion avec le Machu Picchu et cette expérience m’a donné envie d’en savoir davantage sur l’Empire inca, sa conquête et ses modes de vie."
En s'intéressant à la culture inca, le réalisateur a découvert les Chasquis. Si les Incas ne connaissaient pas l’écriture, ils avaient néanmoins mis au point un système de communication codé : les Quipus. Ce système, composé d'un ensemble de cordes, de cordelettes et de nœuds, permettait de transmettre des messages à travers tout l’Empire. Les Quipus circulaient grâce aux Chasquis, les messagers des Incas qui pouvaient traverser l’ensemble du territoire en seulement quatre jours grâce à un système de relais.
C'est ainsi qu'est née l'idée du film, comme l'explique Cesar Zelada : "Je me suis beaucoup documenté sur les Chasquis et j’ai compris qu’ils étaient rapides et forts, mais uniquement composés d’hommes. C’est un point qui m’a intrigué car, à l’heure actuelle, les marathoniens les plus récompensés d’Amérique latine, voire du monde, sont des femmes originaires des Andes. Je me suis alors demandé pourquoi un Chasqui ne pourrait pas être une femme [...]."
Kayara, Princesse inca est coréalisé par Dirk Hampel, également producteur du film et fondateur du studio d'animation B Water Studios. Il a dû endosser le poste de coréalisateur vers la fin du tournage, alors que l'équipe faisait face à un imprévu. Il révèle : "Au départ, j’avais peur de ne pas arriver à tout faire, et j’en ai donc discuté avec l’équipe pour voir comment mieux nous répartir les tâches afin que je puisse assumer cette nouvelle fonction. On a trouvé une solution et l’équipe a compris que le fait que je devienne coréalisateur allait être bénéfique pour le film étant donné ma connaissance du projet et des paramètres du tournage."